Zakład Fizjologii nawiązał liczne kontakty z jednostkami naukowymi w kraju i zagranicą. W wymiarze praktycznym współpraca obejmowała wymianę pracowników w ramach staży naukowych, prowadzenie wspólnych badań naukowych oraz publikowanie wyników prac. Spośród wielu jednostek naukowych należy wymienić w szczególności:

• Environmental Stress Institute, University of California (UCSB), Santa Barbara
• Physical Culture Research Institute, Faculty of Physical Education and Sports, Charles’ University, Prague
• Deutsche Sporthochschule, Köln
• Le Département des Sciences du Sport , Institut National du Sport et de L’Education Physique (INSEP), Paris
• Zakład Fizjologii Stosowanej, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN, Warszawa
• Wojskowy Instytut Medycyny Lotniczej (WIML), Warszawa
• Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii (WIHE), Warszawa
• Zakład Fizjopatologii Oddychania Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc, Warszawa
• Zespół Oddziałów Chorób Wewnętrznych, Kardiologii i Nadciśnienia Tętniczego, Szpital Bródnowski, Warszawa

Znaczna część prac badawczych w Zakładzie Fizjologii realizowana jest w ścisłej współpracy ze środowiskiem sportowym, z udziałem zawodników, trenerów i lekarzy sportowych, w szczególności z takich związków jak: PZ Judo, PZ Kajakowy, PZ Kolarski, PZ Łyżwiarstwa Szybkiego, PZ Pięcioboju Nowoczesnego, PZ Pływacki, PZ Narciarski, PZ Towarzystw Wioślarskich.